分子动力学模拟的理论与实践.pdf
本书共11章：第1章为绪言；第2-4章为分子的经典力学模型，包括分子的物理模型、分子间相互作用以及常用分子力场；第5-8章为经典分子动力学模拟与第一性原理分子动力学模拟的基本原理与方法，包括分子体系的运动方程及其数值解、分子动力学模拟的技巧、MD模拟的统计力学基础、第一性原理分子
模拟的
蛋白质模拟的多尺度方法.pdf
本书给出了涉及蛋白质分子模拟领域内最新的综述和通用的方法，学术思想新颖，包括蛋白质结构预测方法、蛋白质动力学、蛋白质折叠机理以及生物大分子相互作用等方面的理论和应用，涵盖了粗粒化模型、各种不同的采样技术以及生物医学和生物物理学方面的应用等十分广阔的范围。
合作的逻辑：一种演化模拟的视角.pdf
2005年，《科学》杂志将“合作行为如何演化”列为21世纪最关键的25个科学问题之一。解释或理解合作演化的逻辑，无论从理论和实践的角度都具有重要的意义。基本的研究问题是在没有外部强制下的合作如何实现？博弈理论说明，具有完全理性的自利个体在博弈中一定会选择有利于个体自身、却不利于共